Desgraciadamente los expolios sufridos en difíciles circunstancias históricas, impiden que el museo de la Catedral tenga la riqueza que aunque no comparable a la de otras Catedrales de la región, tuvo en el momento de su creación como Priorato de la órdenes Militares.
Con motivo de erigirse canónicamente el Priorato de las Cuatro órdenes Militares por la Bula "Ad Apostolicam" de Pio IX expedida el 18 de noviembre de 1875, el monasterio santiaguista de Uclés, donó los bienes de mayor interés cultural que poseía esta Iglesia Prioral Basílica Catedral, muchos de los cuales desparecieron en 1936.
Reseñamos, no obstante, las piezas existentes de mayor interés:
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