 
Confrontada con la anterior, se abre la Capilla Penitencial, anterior Capilla del Sagrado Corazón de Jesús.
Levantada igualmente a principios del siglo XX por el Obispo D. Casimiro Piñera (cuarto Obispo Prior, +1904) que fue sepultado en ella.
En la misma, se encuentra también, el sepulcro del Obispo D. Emeterio Echeverría (octavo Obispo Prior, + 1954).
Las vidrieras representan a S. Miguel y S. Fernando.
Los relieves laterales, alusivos a la penitencia (Jesús Resucitado da a los Apóstoles el poder de perdonar los pecados y Jesús acogiendo a personas de la actualidad), son obra de Faustino Sanz (1967).
Aquí se venera el nuevo Cristo de la Piedad, talla de Castillo Lastrucci (1947).
Sustituye al de García Coronado, que reemplazó al original desaparecido en 1936, atribuido según algunos, a Giraldo de Merlo.
Sobre el Cristo, una bella tabla renacentista del siglo XVI con el Descendimiento.
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