U na vez dentro del templo, aparte de la elevada altura de su única nave, es de destacar el espectacular Retablo Mayor que por su belleza e importancia ha sido reconocido Monumento Nacional.
Corrían los primeros años del S. XVII (1606) cuando Juan de Villaseca, ciudarrealeño residente en Méjico y secretario del virrey de México decide emplear parte de su riqueza en mandar realizar un retablo para la Virgen del Prado, a la que procesaba una gran devoción. De esta forma, en 1610, Villaseca concede poderes a Antonio de Rojas para que se encargue de organizarlo todo y así poder llevar a cabo esta obra.
En 1612 se contrataron las obras con el escultor Giraldo de Merlo, con proyecto de Andrés de la Concha (tracista) y con ejecución de pintura y estofado de Juan Hasten y Critóbal y Pedro Ruiz Elvira, por otro lado, también se contrató la traída de las maderas necesarias de la sierra de Reillo en la provincia de Cuenca. El retablo quedó definitivamente concluido en 1616.
El retablo está formado por predella, tres cuerpos, y sobre ellos un coronamiento. Verticalmente se encuentra dividido en tres calles con intercolumnios dobles. Los cuerpos presentan alternancia de órdenes, Dórico, Jónico, Corintio y Compuesto en el coronamiento.
El programa iconográfico del retablo es netamente Mariano en los relieves, con figuras de diferentes santos en las hornacinas y todo él presidido por la imagen de la Virgen del Prado.
Consta de cuatro cuerpos (A, B, C, D) con una predela o zócalo (Z) y siete calles.
Los relieves frontales de la predela (Z) representan escenas de la Pasión: La Oración del Huerto (1), Jesús ante el Sanedrín (2), Flagelación (3), Coronación de espinas (4), El Encuentro de Jesús con su Madre (5) y la Piedad (6). Flanquean estas tablas figuras de talla y medio relieve que representan respectivamente a : Santa Ana, San Lorenzo, San Esteban, La Magdalena, San Sebastián, San Nicolás de Bari, San Roque y San Blas.
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